最近有小伙伴私信总分公司的相关财税问题，总结了一下大致分为以下几种情况：
- 跨省的总分公司必须要办理企业所得税汇总纳税备案吗？
- 设立分公司，如何区分独立核算和非独立核算？
- 总公司可以给分公司开发票吗？分公司发票能在总公司抵扣吗？
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别急！带大家一个一个的搞清楚、搞明白！
总分机构是否必须
办理企业所得税汇总备案？
先看个例子：在年，花姐在河南郑州申请成立了花姐分公司，花姐总公公司在深圳，那现在需要做企业所得税汇总纳税备案吗？如果需要，怎么备案？
花姐解析：跨省的总分公司是必须办理企业所得税汇总备案的，可以在电子税局进行备案。电子税务局——我要办税——税费申报及缴纳——企业所得税申报——企业所得税汇总纳税企业总分机构信息备案。
【注意】新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税，所以做汇总纳税企业总分机构信息备案时，“是否就地分摊缴纳企业所得税”选项需选择“否”，备案有效期止选择当年年底。分支机构成立后的第二年及以后年度，则需按实际情况选择“是否就地分摊缴纳企业所得税”。
只有以下五类分支机构“是否就地分摊缴纳企业所得税”选项可以选择“否”：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
有的小伙伴可能疑问了，在外省刚成立的分公司，当年不需要企业所得税汇总纳税，那么第二年必须要汇总纳税了，总分机构之间如何分摊企业所得税？计算的总分公司的分摊比例平时每个季度允许调整吗？
花姐解析：分摊比例一般不得随意调整了。分支机构分摊比例一经确定后，除特殊情况，当年不作调整。
总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×％
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×％
也就是汇总计算出来的企业所得税，总公司在当地缴纳一半，其它的分公司等分支机构合计占一半。
在具体到某个分公司缴纳企业所得税时，要先计算它的分摊比例，主要是按照上年度分支营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算比例，相应的权重分别为：、、，那么计算分摊比例的公式如下：
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入÷各分支机构营业收入之和）×+（该分支机构职工薪酬÷各分支机构职工薪酬之和）×+ （该分支机构资产总额÷各分支机构资产总额之和）×。
在申报季度预缴企业所得税时，总公司预缴申报后，要将《分配表》交由各分公司。各分公司根据总公司分配的所得税额向各自主管税务机关做预缴申报，分支机构仅填写A20000表，勾选表中“预缴方式”、“企业类型”后，填报第行（分支机构本期分摊比例）、行（分支机构本期分摊应补（退）所得税额）。
花姐提示：也就是说分公司，季度申报时分支机构无需填写《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》（A202000）；无需报送财务报表；只需填写分税的金额就可以。
如何区分独立核算和非独立核算
及相关账务处理
非独立核算
“非独立核算”是指分支机构没有完整的会计凭证和会计账簿体系，只记录部分经济业务所进行的会计核算，全面核算任务由总机构完成。
非独立核算单位通常不设置会计机构，仅配备会计人员进行原始凭证的填制、审核、整理和汇总，以及实物明细账的登记工作，不单独编制预算和计算盈亏。
一、通常无须做账，如有需要，可以编制现金或银行存款日记账、收支明细表等报表。
二、取得的所有收入返还总公司，由总公司核算、开具发票等。
三、发生的成本、支出、费用等票据全部以总公司名义开具，分公司取得票据后向总公司报销。
非独立核算总公司账务处理如下：
（1）总公司拨款
借：备用金/其他应收款---分公司
贷：银行存款等
（2）分公司报销
借：成本/费用类科目
贷：备用金/其他应收款---分公司
备注:涉及分公司的其他科目可设下级科目或辅助核算。
独立核算
“独立核算”是指分支机构单独对其业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系
独立核算要求总分公司分别建立会计账套，均要求会计核算健全。各自根据自己实际经济业务需要进行账务处理。
账务处理如下:
（1）总公司向分公司拨付启动资金、日常经营借款等资金
总公司拨付资金
借：其他应收款----分公司
贷：库存现金/银行存款
分公司收到资金
借：库存现金/银行存款
贷：其他应付款----总公司
（2）总分公司之间调拨存货（跨县（市））
总公司调出商品
借：其他应收款----分公司
贷：库存商品
应交税费应交增值税（销项税额）
分公司收到商品
借：库存商品
应交税费应交增值税（进项税额）
贷：其他应付款----总公司
在这里我们要注意，分公司属于总公司的一个分支机构，不具备独立法人资格。总、分公司之间的商品交易，并不能给公司所有者带来权益的增加及经济利益的总流入，因此会计处理上不确认为收入。也就是总、分公司之间的交易，在会计处理上不确认为收入。
我们可以看出，独立或者非独立核算，只是看企业是否满足会计核算上的相关要求，与税务层面完全没有关系，也就是是否独立核算与是不是需要独立进行涉税申报无关！
分公司无论是独立核算还是非独立核算，需要独立进行申报的主营税种：增值税、消费税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加、印花税、个人所得税等。
企业所得税的情况要复杂一些，需要分情况：
如果不是跨地区经营的总分公司，企业所得税无论季度预缴还是年度汇算清缴都由总公司汇总申报缴纳，分公司无需进行申报。
如果是跨地区经营的总分公司，企业所得税无论季度预缴还是年度汇算清缴都先由总公司汇总申报缴纳，然后再将所得税分配表给到分公司，分公司再进行企业所得税的季度预缴和年度汇算清缴，只不过分公司填写的所得税申报表数据很简单，不像总公司那样要填写很多表。
总公司签合同，分公司执行，
发票到底由谁来开？
实务中，很多是总公司出面去谈业务签合同，实际上由分公司执行的，分公司能不能开票给对方呢？实际上，就增值税而言，总分机构是独立的纳税单位，如果分公司想开票，就要有相应的合同以及交易事项协议等作为支撑依据。
目前对于内部授权分公司直接开票的，只有建安行业有政策（国家税务总局公告年第号《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》）。所以分公司开具发票，总公司与分公司需要与客户签订三方协议，为了尽量规避风险，最好约定分公司作为收款方。
可能有小伙伴疑惑了，总公司签订合同，约定分公司执行合同、收款及开具发票的话，不符合三流一致原则，是否有风险？
首先跟着一起看下什么是三流一致？
“三流一致”：销售方、开票方和收款方为同一主体；购买方、受票方和付款方为同一主体，达到三流一致。
看下图更为直观：
很多人之所以问三流不一致是否有涉税风险，其中一个重要的原因就是认为如果三流不一致，会被税务机关定性为虚开发票的风险！
三流不一致也不一定是虚开业务虚开发票。
看个例子：
甲公司销售A商品给乙公司，甲公司给乙公司发货并开票；丙公司欠乙公司货款，经协商一致，实际上，丙公司直接代替乙公司，向甲公司付款；以上交易中，甲开票给了乙，但是实际上货款是丙公司支付的，这种情况是否合法合规？
花姐解析：实务中，应该不少企业会遇到这种情况，企业之间的应收应付款项相互抵消，这种情况往往会涉及到三方资金结算，受票单位、付款单位并不一致（受票单位为乙公司、付款单位为丙公司），如果想要合理化，避免一些不需要的纠纷、争议以及税收风险，就需要提供能够证明代付合理性的证据，比如签订三方协议，说明代付理由；付款备注支付原因等。
会计分录如下
1、甲公司销售商品给乙公司并开票的会计分录
借：银行存款
贷：主营业务收入——A商品
应交税费——应交增值税（销项税额）
2、乙公司收到商品的会计分录
借：库存商品——A商品
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：应收账款——丙公司
3、丙公司代乙公司支付货款的会计分录
借：应付账款——乙公司
贷：银行存款
注：《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条规定，纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。也就是说，“支付或者负担”乃是可以抵扣进项税额的必要条件。
如上所述，由乙公司直接支付，货款是由乙公司实际负担的，因此“代付款”并未违反此规定，而不因此影响抵扣，不属于“虚开发票”情形。
拓展
那分公司抬头的成本费用发票，可以拿到总公司税前扣除和抵扣吗？
花姐分析：分公司和总公司在增值税上属于不同的纳税主体，二者纳税人识别号也不一样，因此分公司接受的专票不可以放到总公司抵扣，各自抵扣自己的。
若是总分公司的企业所得税是汇总纳税的，而企业所得税是法人税制，总公司的发票开成分公司的抬头是可以在企业所得税中扣除的。
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