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JRtplib开发笔记（一）：JRtplib简介、JThread库编译

qtfan 0 2 次浏览 技术文章
找不到动态链接库?

PatchELF

前言

对于经常在服务器上跑程序或安装程序的朋友，不可避免的会遇到一些问题。

其中最常见的问题就是，像下面这样

version `GLIBC_2.' not found
version `GLIBC_2.' not found

glibc 库找不到的问题，当然也可能会有其他库找不到的问题。

那出现这种问题该怎么办呢？

常用解决方案

针对这一问题，网上搜索的答案大部分都是分为以下几步

安装高版本的 glibc

显然，没有这个库，当然先要在环境中安装这个库才行，比如我要安装 glibc-

  1. 下载
http://ftp.gnu.org/gnu/libc/

选择对应的版本并下载，如 libc-.tar.gz

  1. 解压
$?tar?-zxf?glibc-.tar.gz
  1. 生成配置文件
$?cd?glibc-
$?mkdir?build?&&?cd?build
$?../configure?--prefix=LIB_DIR

可以用 --prefix=LIB_DIR，LIB_DIR 为你要将 glib 安装到的路径

通常非 root 用户权限无法安装到默认的 /usr/local 目录下，需要自己手动指定

  1. 安装
$?make
$?make?install

等会吧，这个安装还蛮久的。来杯咖啡，静等安装成功就行。

问题：

如果在 ../configure 这一步出现了问题，比如我出现 ld 版本太低的错误

***?These?critical?programs?are?missing?or?too?old:?as?ld

也不用着急，再安装个较高版本的 binutils 就行。

这个怎么安装？类似上面的 步重新来一遍就行。一般像这种 C 库的安装过程都是这样的，挺简单的，只是通常抛出的异常是不简单的 (?????＿?????)。

  1. 配置环境

安装完成后，大多数的答案都是将下面的命令添加到 ~/.bashrc 文件中

export?LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:your?glibc?path

然后，执行

source?~/.bashrc

但是这又会引入另一个问题更严重的问题。

glibc 是 Linux 系统中最底层的 API，几乎其他所有的库都会依赖它。

因此当你更新了较高版本的 glibc 时，底层的库依赖的还是低版本的 glibc 库，因此可能会导致系统的严重故障。

我当初就是信了这些鬼话，添加到了环境变量中，导致几乎所有的命令都无法使用。运行命令或脚本也会出现

Segmentation?fault

最后的解决办法就是将 ~/.bashrc 文件中的

export?LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:your?glibc?path

删除之后，才恢复原状。

那如何解决呢，一种方法就是每次运行之前，在终端临时将 glibc 的路径添加到 LD_LIBRARY_PATH 变量中，但是这非常麻烦。

下面，我们介绍一款神器

PatchELF

PatchELF 是一个用于修改现有 ELF 可执行文件和库的简单实用程序

ELF: 可执行与可链接格式（Executable and Linkable Format），常被称为 ELF 格式。

既然它能够更改可执行文件，那么我们就可以直接将可执行文件需要加载的 glibc 库的路径修改为我们刚才安装的路径。

这样就可以在既不需要添加环境变量，也不需要手动加载临时变量的情况下使用。

下面，我们先安装这个工具

1. 安装

  1. 下载
https://github.com/dxsbiocc/patchelf

先从 GitHub 上下载源码

  1. 配置环境
./bootstrap.sh
./configure
  1. 安装
make
make?check
make?install

2. 使用

  1. 「查看参数」
$?patchelf?
syntax:?patchelf
??[--set-interpreter?FILENAME]
??[--page-size?SIZE]
??[--print-interpreter]
??[--print-soname]??????????????Prints?'DT_SONAME'?entry?of?.dynamic?section.?Raises?an?error?if?DT_SONAME?doesn't?exist
??[--set-soname?SONAME]?????????Sets?'DT_SONAME'?entry?to?SONAME.
??[--set-rpath?RPATH]
??[--remove-rpath]
??[--shrink-rpath]
??[--allowed-rpath-prefixes?PREFIXES]???????????With?'--shrink-rpath',?reject?rpath?entries?not?starting?with?the?allowed?prefix
??[--print-rpath]
??[--force-rpath]
??[--add-needed?LIBRARY]
??[--remove-needed?LIBRARY]
??[--replace-needed?LIBRARY?NEW_LIBRARY]
??[--print-needed]
??[--no-default-lib]
??[--output?FILE]
??[--debug]
??[--version]
??FILENAME...
  1. 「参数描述」

参数描述--set-interpreter FILENAME设置动态库解析器--page-size SIZE设置页大小--print-interpreter打印解析器--print-soname打印 DT_SONAME--set-soname SONAME设置 DT_SONAME--set-rpath RPATH设置 RPATH--remove-rpath删除 RPATH--shrink-rpath收缩 RPATH--allowed-rpath-prefixes PREFIXES添加允许的 RPATH 前缀--print-rpath打印 RPATH--force-rpath强制使用 RPATH--add-needed LIBRARY添加需要的动态库--remove-needed LIBRARY删除需要的动态库--replace-needed LIBRARY NEW_LIBRARY替换动态库--print-needed打印需要的动态库--no-default-lib不链接默认的动态库--output FILE输出文件--debug输出调试信息--version打印版本信息

patchelf 的主要功能与动态库解析器、RPATH 以及动态库有关。

  1. 「使用方式」
  • 更改可执行文件的动态库解析器
$?patchelf?--set-interpreter?/lib/my-ld-linux.so.2?my-program
  • 更改可执行文件和库的RPATH
$?patchelf?--set-rpath?/opt/my-libs/lib:/other-libs?my-program
  • 收缩可执行文件和库的RPATH
$?patchelf?--shrink-rpath?my-program

该命令会删除可执行文件中所有不包含 DT_NEEDED 字段指定的库的路径。

例如：

一个可执行文件引用一个库 libfoo.so，它的 RPATH 是 /lib:/usr/lib:/foo/lib，而 libfoo.so 只能在 /foo/lib 中找到，那么新的 RPATH 将是 /foo/lib

其中 RPATH 指定的是可执行文件的动态链接库的搜索路径

  • 删除动态库上声明的依赖项(DT_NEEDED)，可多次使用
$?patchelf?--remove-needed?libfoo.so.1?my-program
  • 添加动态库上声明的依赖项(DT_NEEDED)，可多次使用
$?patchelf?--add-needed?libfoo.so.1?my-program
  • 替换动态库声明的依赖项(DT_NEEDED)，可多次使用
$?patchelf?--replace-needed?liboriginal.so.1?libreplacement.so.1?my-program
  • 更改动态库的 SONAME
$?patchelf?--set-soname?libnewname.so.?path/to/libmylibrary.so.
  1. 「示例」

我有一个 msi 分析的可执行文件 msisensor-blood

在终端执行时，出现错误

$?./msisensor-blood
./msisensor-blood:?/lib64/libm.so.6:?version?`GLIBC_2.'?not?found?(required?by?./msisensor-blood)
./msisensor-blood:?/lib64/libc.so.6:?version?`GLIBC_2.'?not?found?(required?by?./msisensor-blood)
./msisensor-blood:?/lib64/libc.so.6:?version?`GLIBC_2.'?not?found?(required?by?./msisensor-blood)

从输出信息可以看出，需要两个库

  • glibc- 的 libc.so.6 库
  • glibc- 的 libm.so.6 库

首先， 我们用 ldd 命令列出其动态库依赖关系

./msisensor-blood:?/lib64/libm.so.6:?version?`GLIBC_2.'?not?found?(required?by?./msisensor-blood)
./msisensor-blood:?/lib64/libc.so.6:?version?`GLIBC_2.'?not?found?(required?by?./msisensor-blood)
./msisensor-blood:?/lib64/libc.so.6:?version?`GLIBC_2.'?not?found?(required?by?./msisensor-blood)
????????linux-vdso.so.1?=>??(0x00007ffc75beb000)
????????libz.so.1?=>?/home/dengxs/software/zlib-/lib/libz.so.1?(0x00007f7594351000)
????????libpthread.so.0?=>?/lib64/libpthread.so.0?(0x00000033dee00000)
????????libstdc++.so.6?=>?/home/dengxs/software/anaconda3/lib/libstdc++.so.6?(0x00007f75941c4000)
????????libm.so.6?=>?/lib64/libm.so.6?(0x00000033de600000)
????????libgomp.so.1?=>?/home/dengxs/software/anaconda3/lib/libgomp.so.1?(0x00007f7594196000)
????????libgcc_s.so.1?=>?/home/dengxs/software/anaconda3/lib/libgcc_s.so.1?(0x00007f7594182000)
????????libc.so.6?=>?/lib64/libc.so.6?(0x00000033de200000)
????????/lib64/ld-linux-x86-.so.2?(0x00000033dde00000)
????????librt.so.1?=>?/lib64/librt.so.1?(0x00000033df200000)
????????libdl.so.2?=>?/lib64/libdl.so.2?(0x00000033dea00000)

OK！就是把下面两个动态库替换掉

libm.so.6?=>?/lib64/libm.so.6
...
libc.so.6?=>?/lib64/libc.so.6

更换 libm.so.6 的路径

patchelf?--replace-needed?libm.so.6?/home/dengxs/software/glibc-/lib/libm.so.6?msisensor-blood?

更换 libc.so.6 的路径

patchelf?--replace-needed?libc.so.6?/share/software/glibc//lib/libc.so.6?msisensor-blood

再看下动态库列表

$?ldd?msisensor-blood
????????linux-vdso.so.1?=>??(0x00007ffde0199000)
????????libz.so.1?=>?/home/dengxs/software/zlib-/lib/libz.so.1?(0x00007f6a786df000)
????????libpthread.so.0?=>?/lib64/libpthread.so.0?(0x00000033dee00000)
????????libstdc++.so.6?=>?/home/dengxs/software/anaconda3/lib/libstdc++.so.6?(0x00007f6a78552000)
????????/home/dengxs/software/glibc-/lib/libm.so.6?(0x00007f6a7844b000)
????????libgomp.so.1?=>?/home/dengxs/software/anaconda3/lib/libgomp.so.1?(0x00007f6a7841d000)
????????libgcc_s.so.1?=>?/home/dengxs/software/anaconda3/lib/libgcc_s.so.1?(0x00007f6a78409000)
????????/share/software/glibc//lib/libc.so.6?(0x00007f6a78062000)
????????/lib64/ld-linux-x86-.so.2?(0x00000033dde00000)
????????librt.so.1?=>?/lib64/librt.so.1?(0x00000033df200000)
????????libdl.so.2?=>?/lib64/libdl.so.2?(0x00000033dea00000)

OK，已经替换成功了

接下去看看能不能直接运行

$?./msisensor-blood?


Program:?msisensor-blood?(homopolymer?and?miscrosatelite?analysis?using?cfDNA?bam?files)
Version:?v0.1
Author:?Beifang?Niu?&&?Kai?Ye

Usage:???msisensor-blood??[options]

Key?commands:

?scan????????????scan?homopolymers?and?miscrosatelites
?msi?????????????msi?scoring

没问题，一切顺利。(＾?＾)??

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